市城市管理局设办公室、政策法规处（执法监察处）、科技信息处（市场管理处）、市容景观管理处、城乡环境卫生管理处、市政管理处、绿化管理处、爱国卫生管理处、计划财务处、组织人事处、宣传教育处11个内设机构，imToken，。
为市政府工作部门， 南京市城市管理局是人民政府的职能部门。
承担城市综合管理的责任，根据《中共江苏省委江苏省人民政府关于印发〈南京市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕63号）和《中共南京市委南京市人民政府关于南京市人民政府机构改革的实施意见》（宁委〔2010〕43号），挂市城市管理行政执法局牌子，设立市城市管理局。
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